Tooted

AVITI LT™ on Element Biosciences’i AVITI sekveneerimissüsteemi kompaktsem ja soodsama hinnaklassiga versioon. See kasutab sama Avidite Base Chemistry (ABC) tehnoloogiat, pakkudes professionaalse taseme järjestusvõimet madalama läviväärtusega, et jõuda laiemate uurimisgrupideni

Kes see on mõeldud?

• Väiksemahuliste või spetsiifiliste projektide jaoks (nt sihitud panelid, väikesed eksomid)
• Laboritele, mille eelarve ei võimalda täis-VITI-d
• Uurijatele, kes soovivad skaleerida hiljem suuremale platvormile, sest AVITI LT on uuendatav
• Seal, kus on oluline kuluefektiivsus ja madalad jooksukulud

Tehnilised eelised

• Madalam instrumenti hind + väiksem vooguru lävi, mis laseb madalamaid glasuurseid jooksumahtusid
• Täpsus ja kvaliteet: toetab Cloudbreak UltraQ (> 70% Q50 & > 90% Q40) ning Cloudbreak Freestyle workflow-d
• Kaks sõltumatut voogurplaati – paralleelsed või iseseisvad jooksud
• Lühike tsükliaeg: 2×150 bp Medium‑output – ~150 Gb ja ~500 M loetust ~31 tunni jooksul
• Skaleeritavus: lihtne uuendada täis-VITI süsteemile või AVITI24-le

Põhijooned

• ABC tehnoloogia: prevedelikulaarselt voolivad polooniad, RCA, madal vigade määr, indeksivahetus puudub
• Paindlikud Read Kits: 2×75, 2×150, 2×300 bp; Low, Medium, High output võimalused; skaala vastavalt vajadusele
• Rohkem teekide valikuid: ühilduv Elevate, Adept, Trinity, Cloudbreak Freestyle workflow-teekidega
• Ecosystem upgrade võimalus: AVITI LT --> AVITI --> AVITI24 | lihtne tarkvarauuendus

Miks valida AVITI LT?

Tööalane tugi – täielik ühilduvus Elementi teekide ja workflow-dega

Taskukohane valik – madalam esialgne investeering, samas professionaalse kvaliteediga NGS

Paindlik töövoog – sobib nii väikeste seeria kui sihtprojekti vajadustega

Täpsus – ABC tehnoloogia garanteerib kõrge Q‑hindestandardid

Skaleeritavus – süsteemi saab lihtsalt uuendada suurema võimsusega versioonile

AVITI on Element Biosciences’i arendatud benchtop-sekveneerimissüsteem, mis toob kaasa kõrgkvaliteedilise ning kuluefektiivse NGS lahenduse – ideaalne nii väikese kui suuremahuliste uuringute jaoks .

Peamised eelised

• Paindlik tootlus: vali vajalik läbilaskevõime – 100 M kuni 2 B loetust per jooks, sobib nii väikese kui suuremahuliseks tööks .
• Tipptasemel täpsus: ≥ 90% Q30 tase (Cloudbreak standard), ≥ 70% Q50 & ≥ 90% Q40 UltraQ režiimis .
• Kahe sõltumatu flow‑cell’iga disain: paralleel‑ või iseseisvad jooksud, mille käigus saab optimeerida töövoogu ja erinevaid proove eraldi .
• Madalamad kulud: fikseeritud reagensid, madal baasipõhine hind (~$2/GB, ~$200 genom).

Tugev tehnoloogia – ABC (Avidite Base Chemistry)

• RCA & polooniad – PCR-vabad polooniad, mis vähendavad vigu ja pakuvad stabiilse signaali.
• Fluorestseeruvad avidiidid – väga madala taustmüra ja tugeva signaaliga, vähendatud reagensikasutus .
• Indeksipöördete puudumine – RCA tehnoloogia tagab stabiilse ja täpse järjestuse ilma indeksi kandjaga esinevate müra riskida .

Sekveneerimisrežiimid

AVITI24™ on Element Biosciences’i uue põlvkonna platvorm, mis ühendab täielikult integreeritud DNA/RNA järjestuse ja Teton™ CytoProfiling – võimaldades 5D-multiome: RNA, valkude, morfoloogia, ruumilise konteksti ja dynaamiliste vastustega.

Mida AVITI24 teeb?

• Kõik ühes lahendus: võimaldab järjestada ja samaaegselt analüüsida DNA, RNA, valke (sh fosforüleeritud) ja rakumorfoloogiat, kasutades ühte ja sama proovivoolu alla 24 tunniga (~45 min käeline aeg) .
• Teton CytoProfiling → single-cell, spatial multiomics: suudab töödelda kuni 2 miljonit sõltumatult laetud rakku intiimses ruumilises lahutuses (~20 cm²). RNA: kuni 350 transkripti; Valgud: kuni 50 markeri; Morphology: kuni 6 morfoloogilist tunnust.

Tehnilised andmed – sekveneerimine

• Dual flow-cell – kaks sõltumatut rada: võimaldavad paralleelset tööd erinevas konfiguratsioonis .
• Loetavus (2 × 150 bp):
  • Kuni 3 miljardit loetust mõlema flow-cell’i peale (2015. aastast), näiteks 1.5B per flow-cell
• Andmekvaliteet:
  • ≥ 90 % Q30; UltraQ-režiimis ≥ 70 % Q50
• Lühike tööaeg:
  • 2 × 75: ≤ 24 h; 2 × 150: ≤ 38 h; 2 × 300: ≤ 60 h

Milleks seda kasutatakse?

• Ruumi-spetsiifiline single-cell multiomics – vähiteadus, immunoloogia, närviteadus jpt.
• Rakkude fenotüpiseerimine – dünaamilised vastused ravimitele, CRISPR ehk rakkude dünaamiline jälgimine.
• Morfoloogiline + molekulaarne integratsioon – täielik pilt raku struktuurist ja funktsioonist .

Cloudbreak™ on Element Biosciences’i uusima põlvkonna keemiaplatvorm, mis töötab koos AVITI™ sekveneerimissüsteemiga. See põhineb täiustatud Avidite Base Chemistry (ABC) tehnoloogial ja toob kaasa olulisi uuendusi andmete kvaliteedis, töövoo kiiruses ja paindlikkuses.

Peamised eelised:

90% loenditest Q40 või kõrgem

Kiirem töövoog:
Cloudbreak lühendab töötsüklit kuni 20%. Näiteks 2×150 bp sekveneerimistsükkel kestab nüüd ainult ~38 tundi, andes ~600 Gb andmeid ja kuni 2 miljardit loetust.

Varajane indekseerimine:
Indekseerimine toimub enne DNA-inserti, mis võimaldab reaalajas demultiplekseerimist – kasutaja näeb proovi jaotumist juba jooksu alguses.

Suurem täpsus (UltraQ):
Kasutades UltraQ keemiat, saavutatakse erakordselt kõrge täpsus:

70% loenditest Q50 või kõrgem (≥ 99.999% täpsus)

Cloudbreak Freestyle™ võimaldab kasutada otse nii Elevate™ teeke kui ka kolmandate osapoolte lineaarseid teeke (nt TruSeq, Nextera, 10x Genomics) ilma vajaduseta neid eelnevalt ümber töödelda või ringkonverteerida. See muudab töövoo lihtsamaks ja säästab väärtuslikku aega.

Sobivus ja rakendusvaldkonnad

Cloudbreak sobib ideaalselt:

• RNA-seq ja scRNA-seq analüüsideks
• Väheste proovidega projektideks
• Metagenoomika ja mikroobikoosluste uurimiseks
• Laboritele, kes soovivad kasutada oma olemasolevaid teeke
• Andmekvaliteeti hindavatele teadusprojektidele, kus on oluline kõrge täpsus

Komplektide valikud

Cloudbreak on saadaval erinevates konfiguratsioonides:

• Tsükli pikkused: 2×75, 2×150 ja 2×300 bp
• Andmemahud: Madal, keskmine ja kõrge väljund
  Näiteks 2×150 keskmise väljundiga komplekt annab:
  • ~500 miljonit loetust
  • ~150 Gb andmeid

Trinity on Element Biosciences’i innovaatiline „on-instrument” esiüksuste selekteerimise töövoog (target capture), mis toimib AVITI sekveneerimissüsteemis. Tehnoloogia automatiseerib või elimineerib mitmeid seni käsitsi tehtavaid samme, vähendades töömahukust kuni 5 tundi ning võimaldades kiiret ja efektiivset uuringute tegemist .

Põhijooned:

• Vaid üks hübridiseerimise samm: DNA teegile lisatakse sobivad proovid, lastakse hübridiseeruda ja laaditakse otse AVITI-l. Vähem käsitööd, madalam duplikaadi määr ja parem raamatukogu keerukus
• Kiire hübridiseerimine: 1-tunnine "fast hyb" töövoog võimaldab kogu protsessi toimumist ühe päeva jooksul.
• Suurem andmete kvaliteet: madalam duplikaatide osakaal ja parem katvus võrreldes traditsiooniliste vedelikus teostatud hübridiseerimismeetoditega .

Ühilduvus ja konfiguratsioonid

• Toetus eksom‑sekveneerimisele koostöös IDT ja Twistiga.
• Mahud: võimalus sekveneerida 24 eksomi ühel voogurplanil (flow cell) keskmiselt ≥ 50× katvusega (2 × 150 bp) või ≥ 30× (2 × 75 bp)
• Konfigureeritavus: 2 × 75 bp või 2 × 150 bp seadistused, sõltuvalt andmenõudlusest.

Tulemuste kokkuvõte

Tellimine ja komplektid

• Element Biosciences’i Trinity komplektid:
  • Trinity 2×75 Sequencing Kit (860‑00019)
  • Trinity 2×150 Sequencing Kit (860‑00020)
  • Trinity Binding & Fast Hyb reagendid
  • PhiX kontrollreagendid (830‑00031)
• IDT / Twist teekide toetamine hübridiseerimiseks:
  • IDT xGen Exome Kit Trinity™ for Element (97% katvus 20×, 24 proovile)
  • Twist Exome v2 Trinity hübriidisüsteem (standardne & fast hyb workflow)

Peamised omadused

• Kolmanda osapoole teekide tugi:  tee‑eeltöövoogu ei ole vaja muuta – lihtsalt lisa Adept‑splintoligid ja reaktiivid ning valmis!
• Kolm töötamisprotokolli:
  1. Standard – benchtop tsirkularisatsioon + qPCR kvantifitseerimine (~75 min kokku, ~25 min käsitööd).
  2. PCR‑Free Rapid – kiire, tsirkulariseeri + qPCR (~40 min kogu aeg, ~10 min käsitööd).
  3. PCR‑Plus Rapid – täiendava PCR sammuga tsirkulariseerimise automatiseerimine instrumenta (~40 min total).
• Täpsed reaktsiooni tingimused: sisendkontsentratsioonid varieeruvad 0.1–0.5 pmol ulatuses; toetus kuni 10 bp dual‑indeksitele ja UMI‑le;
  tsirkularisatsiooni ja analüüsi käigus eri kvantifitseerimismeetodid – qPCR instrumentaalselt, Qubit benchtop.

Tehnilised andmed

Milleks Adept õigupoolest sobib?

• Jätkata tuttavate töövoogudega: kui sinu labor kasutab Illumina, IDT või Twist teeke, saab nüüd need AVITI platvormi integreerida ilma ümberõppeta.
• Paindlikud protokollid: vali kiire (PCR-Free Rapid), standard või PCR‑Plus variant vastavalt andmevajadusele ja olemisele.
• Täpsus ja usaldusväärsus: tsirkularisatsioon võimaldab poloonia‑genereerimist rolling circle amplifikatsiooni abil – tulemuseks kõrged Q‑hinded ja korratav voog

Elevate™ Library Prep Workflow on Element Biosciences’i natiivne teegi ettevalmistamise lahendus, mis sobib laias valikus rakendusteks – näiteks kogu genoomi (WGS), metagenoomika ja muu DNA sekveneerimise jaoks. See on loodud töökindluse, paindlikkuse ja kiire teegi ettevalmistuse põhimõttel.

Peamised omadused

• Modulaarne disain: võid kombineerida erinevaid preparaat-, rikastus- ja indeksikomplekte vastavalt vajadusele (PCR ‑ vaba või PCR+l, mehaaniline või ensümaatiline fragmentatsioon) .
• 96 unikaalset dual-indexi võimaldavad üheaegselt töödelda kuni 96 proovikomplekti, hoides lugude määramise täpse ning efektiivsena .
• Kiire ettevalmistus:
  • PCR‑vaba protokoll: ca 2 h 25 min,
  • PCR+l protokoll: ca 3 h 25 min (mõlemad sisaldavad käsitöö osa) .

Tehnilised andmed

Milleks sobib?

Natiivsete Elevate adapteritega teegi ettevalmistus koos Cloudbreak või Cloudbreak Freestyle sekveneerimiseks on sujuv ja ühilduv

WGS, metagenoomika, amplicon-sekveneerimine ja muud töövood, kus on vaja paindlikku ja kiiret library prep-i.

Suure või väikese DNA sisendiga proovidega – ulatus sisendist sobib erinevatele projekti suurustele.

Kasutamiseks laboriautomaatikas (robotiseeritud vedelseade).

LoopSeq™ for AVITI võimaldab tekitada synthetic long reads (SLR) ehk sünteetilised pika järjestusega andmed, kasutades Element AVITI lühilugude sekveneerijat. See ainulaadne tehnoloogia tagab pikaobjektiivse konteksti ilma kallite pikkade lugude instrumentideta

Põhijooned ja töövoog

1. Barcode ja amplifikatsioon: iga DNA molekul märgistatakse unikaalse ribakoodiga ja seejärel paljundatakse.
2. Fragmenteerimine ja ribakoode jagamine: DNA fragmenteeritakse nii, et iga fragment kannab selle algse molekuli ribsilt koodi .
3. Järjestamine: AVITI seade loeb lühilugusid, mis on seejärel ribade alusel demultiplekseeritud .
4. Küllastamine: algoritmiline kokkupakkimine taastab algse molekuli täispikkuse järjestuse .

Rikkalikud rakendused

• 16S LoopSeq for AVITI: täispikkade 16S rDNA järjestuste jaoks mikrobide koostise määramiseks
• Amplicon LoopSeq for AVITI: sobib spetsiifiliste amplikonite sügavamaks analüüsiks geneetilise variatsiooni kindlakstegemisel

Lisaks on saadaval ka 16S LoopSeq ja Amplicon LoopSeq teised versioonid, mis töötavad koos teiste lühilugude platvormidega.

Spetsifikatsioonid

Miks valida LoopSeq?

Mugav töövoog: kasutab olemasolevat lühilugude instrumenti (AVITI), ei vaja täiendavat aparatuuri ega mikrofluudikat.

Pikad ja täpsed järjestused: sünteetilised pikad järjestused sarnanevad PacBio või ONT pikkade lugudega, kuid madalama error rate’i ja suurema täpsusega.

Kõrge täpsus: näiteks 1,5 kb puhul ~50% rohkem järjestusi ilma veata võrreldes PacBio-ga, ning 5 kb puhul kuni 500% rohkem.

Mitmekülgsus: sobib mikrobioomi täppisidentifitseerimiseks, transkriptoomi isoformide tuvastamiseks, immuunkompositsiooni analüüsiks ja geneetiliste fookusdeklaratsioonide tegemiseks.